Jop van der Linden begon zijn professionele voetbalcarrière bij Vitesse waar hij de hele jeugdopleiding doorliep. Hij kwam onder andere uit voor Oranje onder 19 en tekende in 2008 zijn eerste profcontract in Arnhem. Vervolgens werd hij verhuurd aan AGOVV en tekende in 2010 bij Helmond Sport, waarna hij de overstap maakte naar Go Ahead Eagles waarmee hij in 2013 promoveerde naar de eredivisie.
Met de Eagles speelde hij twee jaar succesvol in de eredivisie en droeg hij regelmatig de aanvoerdersband. In 2015 tekende de linksbenige centrale verdediger een contract bij AZ. Hij speelde er Europees voetbal maar liep vervolgens twee zware heupblessures op.
Nadat hij in 2017 een jaar uitkwam voor Willem II, vertrok hij in naar Australië en werd met FC Sydney daar in 2019 nationaal kampioen. Hierna besloot Jop te stoppen met professioneel voetbal vanwege de heupblessures die hij had opgelopen bij AZ en waar hij nooit meer volledig van herstelde. Daarna begon hij zijn tweede carrière als voetbal- en fitnesstrainer en richtte samen met CIC group, zijn voormalig zaakwaarnemer Jopvanderlinden.nl op.
